La SAE fue fundada en 1950, tras los acuerdos adoptados en el V Congreso de la Sociedad Luso-Hispano-Americana de Anatomía (Granada, 30-IX-1947).
La SAE organiza su congreso nacional con una periodicidad bianual. Durante el congreso tiene lugar la asamblea general de la Sociedad.
La SAE tiene como órgano oficial el "European Journal of Anatomy". Esta revista científica publica, con imágenes de alta calidad, trabajos de investigación originales redactados en inglés. Además, la Sociedad publica 'Noticias de la SAE', un boletín informativo con novedades de interés para los miembros de la Sociedad.
Asimismo, la SAE promueve la realización de cursos, jornadas y simposios de carácter monográfico, relacionados con metodologías aplicadas a la investigación o la docencia de la anatomía. La SAE mantiene relaciones con otras sociedades anatómicas para favorecer el intercambio de conocimientos y la organización de reuniones conjuntas.